Márkus Julianna 1984. március 12-től 2009. augusztus 31-ig, nyugdíjba vonulásáig dolgozott különböző vezetői posztokon az Egyetemi Könyvtárban.

Az Olvasószolgálati és Tájékoztatói Osztály vezetése, majd 1993. július 1-jétől a könyvtárigazgatói feladatok határozták meg szakmai munkáját. Mindez egybeesett a Széchenyi István Egyetem tevékenységének, az intézményben művelt tudományterületek jelentős bővülésével. A könyvtár gyűjtőköre, szakmai munkája fokozatosan és jelentősen bővült. A közgazdasági, a jogi, az egészségtudományi és szociális, a zeneművészeti területek megjelenése, a mérnöki képzések jelentős átalakulása alapvető változást eredményeztek a könyvtári munkában is. A könyvtár informatikai hátterének folyamatos fejlesztése mellett a szakmai szervezetekkel kialakított, megújított kapcsolatrendszer jövőorientált szervezése, menedzselése folyamatos kihívást jelentett. Kialakult, stabizilálódott a munkatársi csapat.

Márkus Julianna az egységes győri könyvtári szervezet létrehozásáért, a közös Megyei-Egyetemi Könyvtár megvalósulását szakmai érvekkel támogatta. A terv nem valósult meg, 2011-ben avattuk az Egyetemi Könyvtár modern épületét a campus területén.

Véleményét határozottan, mindig érvekkel képviselte. Tevékenységében hangsúlyos elem volt a könyvtári munkával kapcsolatos tervek, a szakmai törekvések szélesebb körben való megismertetése, megvitatása, a potenciális támogatók megnyerése, szervezése.