II. János Pál pápa 1996. szeptember 6-án érkezett Pannonhalmára, majd másnap 160 ezer ember előtt celebrált szentmisét a győri ipari parkban.

A korabeli híradások szerint a pápa szeptember 6-án délben érkezett a ferihegyi repülőtérre, ahol állami és egyházi vezetők fogadták. Délben azután a pápa helikopteren Pannonhalmára utazott, ahol Dr. Várszegi Asztrik főapát kísérte fel a szentatyát pápamobiljában Szent Márton hegyére a Bencés Főapátságba. A délután folyamán ott fogadta a pápa Dr. Göncz Árpád köztársasági elnököt és feleségét. Majd meglátogatta a Szent Adalbert otthonban az idős és beteg szerzeteseket. Az este folyamán a Főapátság templomában zártkörű vesperás volt, melyen elsősorban szerzetesek vehettek részt.

Másnap 10 órakor a győri Ipari Parkban felállított oltárnál 160 ezer magyar, osztrák, német, horvát, cseh, szlovák és román zarándok előtt Pápai Lajos győri megyéspüspök köszöntötte a Szentatyát. A szabadtéri ünnepi szentmisén Magyarország lelki és érzelmi megújulásáért imádkozott a pápa. A Magyar Püspöki Kar képviselőivel a győri püspöki palotában elköltött ebéden találkozott. Délután a Győri Székesegyházban az egyházmegye 1000 képviselője várta: papok, szerzetesek, egyházközségi képviselők, hitoktatók mellett iskolák és szociális intézmények vezetői. Apor Vilmos mártír püspök sírjánál imádkozott, majd még aznap este visszatért a ferihegyi repülőtérre és elhagyta országunkat.

A győri pápalátogatás emlékét az egykori szentmise helyén kereszt őrzi, Lebóo Ferenc éremművész pedig aranyozott emlékérmet készített. A Szentlélek-templom előtti téren a pápa bronzból készült szobra látható, valamint két emléktábla és a róla elnevezett tér őrzi emlékét Győrben. A székesegyházat II. János Pál pápa 1996-os győri látogatása során bazilika rangjára emelte.